Фридрих Штовассер родился 15 декабря 1928 года в Вене. Отец — австриец, мать — еврейка. С 1936 года посещал венскую школу в системе Монтессори. Мать Эльза Штовассер скончалась в 1972 году. Свой псевдоним художник образовал, переведя на немецкий первую часть своей фамилии, которая похожа на славянское слово (Сто — Hundert). Придуманное им для себя имя — переделка его первого имени Фридрих (в переводе на современный немецкий язык Фриденсрайх дословно означает богатый миром).

В 1948 году Хундертвассер недолгое время посещал Венскую академию изящных искусств. Тогда же он начал активно заниматься творчеством. Сильное влияние на него оказал Эгон Шиле.

Свою архитектурную концепцию он изложил в нескольких манифестах и воплотил во множестве проектов. Его Идеальный Дом — это безопасная уютная нора, которую сверху покрывает трава, но нора со множеством окон-глаз. В Новой Зеландии он построил такой дом, где крыша переходит по бокам в холм. На ней растёт трава, которую иногда приходят пощипать бараны.

Хундертвассер считал, что нельзя жить в одинаковых домах-коробках: людям от этого плохо. Каждый жилец имеет право высунуться из своего окна и раскрасить или как-то иначе изменить стену вокруг него, куда рук и кисти хватит (не говоря уже о внутренности дома). Он возглавил несколько проектов по реабилитации бывших мануфактур — унылых коробок, которые он превращал в сказочные терема. Как и Гауди, Хундертвассер широко использовал битую керамическую плитку: делал из неё мозаику, расцвечивающую до этого ровную и тоскливую поверхность. Он также насаживал на дома золотые или голубые купола-маковки, нарушающие монотонность прямой крыши, и оборудовал в стенах ниши для деревьев.

Самый известный такой проект — KunstHausWien — выставочный зал в Вене. Идея с «деревьями-квартиросъёмщиками» не случайна: Хундертвассера занимала экология, и он считал, что предоставить деревьям и траве место в доме и на нём — хоть какая-то компенсация за урон, который индустриальное общество наносит природе. Из занимательных фактов, стоит заметить что Хундертвассер всегда носил разные носки. И когда люди спрашивали его: "Почему вы носите разные носки?", он всегда отвечал: "А почему, собственно, вы носите одинаковые?!" Графика Хундертвассера многоцветна, геометрична. На первый взгляд может показаться, что она абстрактна, но это не так: за каждой картиной стоит объяснение, целая концепция. Чаще всего он изображает дома и окна.

В 1959 году Хундертвассер устроил в Гамбурге перформанс с непрерывной линией. Пока зрители толпились в помещении, ожидая представления, Хундертвассер, ползая буквально под ногами у них, начал вести свою линию, выбрав точку внизу стены. В течение двух дней и двух ночей он и два его друга, Базон Брох (Bazon Broch) и Харальд Шульт (нем. Harald Schult), непрерывно рисовали линию на стенах — сначала черным, потом красным, при свете свечей, когда власти отключили электричество. Перформанс прервали, когда линия достигла высоты 2,5 м. Хундертвассер сетовал, что ему не дали завершить задуманное и добраться до точки в центре потолка, где бы линия-спираль нашла свое завершение. В знак протеста художник отказался от должности доцента в Высшей школе искусства на Lerchenfeld и покинул Гамбург.

Любимое живое существо Хундертвассера — улитка с домиком на спине (см. его проект флага для Новой Зеландии).

Хундертвассер много работал также над дизайном государственных флагов, монет, почтовых марок. В 1999 году он приступил к своему последнему проекту, получившему название «Зеленая цитадель Магдебурга».

Художник скончался 19 февраля 2000 года в Новой Зеландии.